Prvi put se spominje 1445. godine u starom glagoljskom spisu. Tijekom proteklih godina crkva je proširivana i nadograđivana, a u periodu kad je crkva sv. Andrije Apostola bila u ruševinama nakon potresa je bila i župna crkva. U vrijeme bakarskih feudalnih gospodara Zrinskih, 1641. godine bila je obnovljena i nanovo posvećena. Iz tog vremena je na glavnom oltaru stari drveni kip Bogorodice s mrtvim Isusom u krilu.
Godine 1666. crkva je produžena i proširena, a početkom 18. stoljeća je uređeno svetište crkve, kojeg je oslikao Valter Meduni iz Udina u tehnici ”al fresko”. Neko su vrijeme u njoj pokapane ugledne gradske obitelji i svećenstvo.
Prostor oko crkve nakon poništenja starog groblja sv. Nikole pretvoren je u središnje bakarsko groblje. Kada je groblje postalo pretijesno oko 1850. godine osnovano je novo.